益陽南站將輕巧靈動的站房設計與自然景觀交融,將益陽的歷史傳統用現代的建筑語言演繹。立面整體上猶如橋梁的剪影,代表益陽與新時代的聯通,與核心區自然景觀廊道的打通。車站現代結構形式融入益陽傳統竹編工藝元素,將歷史文脈與現代技術融合傳承。下收上開的流線的處理手法,寓意高鐵給城市帶來的嶄新機遇和益陽人民蒸蒸日上的拓展精神。益陽南站站房總建筑面積35962.1平方米,候車面積12248平方米。車站中部設有出站地道和社會通廊一座,另在車站東端設綜合運輸通道一座。
益陽南站采用驗檢分設旅客流線模式,客服設備配置充分考慮旅客便捷服務需要,設有獨立哺乳室、軍人候車室和兒童候車娛樂區,讓旅客出行充分體驗舒適溫馨的旅行環境。